La difesa dell'ambiente e la prevenzione di eventuali danni ecologici sono, oltre alla produzione di energia elettrica, due obiettivi fondamentali dell'AEM.
Da anni ormai l'AEM, sia autonomamente, sia in collaborazione con le Istituzioni presenti nella valle, si fa carico delle esigenze di tutela
ambientale. Tra le attività più importanti sono da segnalare alcuni approfonditi studi idrogeologici che hanno fornito precise indicazioni sulle risorse idriche dell'alta Valtellina e sui complessi meccanismi che sono alla base del suo equilibrio ecologico. L'obiettivo finale è commisurare l'utilizzo delle acque per produrre energia con le necessità vitali della flora, della fauna e degli usi irrigui e domestici degli abitanti dell'alta valle. I dati statistici raccolti ed i risultati delle ricerche scientifiche effettuate hanno permesso di predisporre un preciso piano di "rilasci" d'acqua (dai bacini di raccolta e alle prese sui torrenti) coordinati e controllati dall'Autorità di Bacino.

Dal 1989 l'AEM, prima tra i produttori di energia elettrica della valle, ha così avviato un programma che prevede degli opportuni "rilasci" di acqua nell'alveo dei torrenti e del fiume Adda. E' così assicurato il minimo deflusso vitale che permette ai fiumi ed ai torrenti di non rimanere mai in secca contribuendo inoltre in maniera determinante al ripopolamento ittico delle acque dell'alta Valtellina.